近年来，两国疾控中心的交流日趋活跃，项目执行稳步深入、合作成果显著：双方领导人建立了年度会晤机制，旨在回顾合作进展、制定规划，为发展合作指明方向。2016年第12次年会将在中国举行；美方长期驻华支持项目的技术专家达十余名；双边合作项目，如中美全球艾滋病防治项目、中美新发和再发传染病合作（EID）项目等大型合作项目顺利实施，均已进入第三个五年执行周期；在减盐、控烟等领域开展的慢性病合作逐步推进。
这些合作项目产出了众多科研和学术成果，加强了各级项目单位的科研能力建设、实验室质量控制体系和疾病监测与防控体系和能力建设；有效引进国际先进技术和理念，实现了与国际标准接轨；建立高端人才培养通道，向国外派出了大量科研和疾控骨干进行技术培训，掌握先进科学技术，吸取成功管理经验，建立长期人才培训合作机制。
值得一提的是，通过中美EID项目，推进中国国家流感中心成功申请作为世界卫生组织流感参比和研究合作中心；在2009年甲流和2013年人感染H7N9禽流感流行期间，中国疾控中心和美国疾控中心及世界卫生组织全球流感中心网络紧密合作，及时共享流感病毒序列和毒株，为研制流感疫苗和控制流感疫情赢得了宝贵的时间，开创了两国流感大流行联动机制和共同应对的先例。
2014年2月，西非爆发埃博拉疫情以来，两国疾控中心在帮助非洲应对埃博拉疫情及提高非洲的公共卫生能力方面开展了合作，主要包括：两国疾控中心参与协助非盟及非盟成员国合作建设非洲疾病预防控制中心；合作支持塞拉利昂国家级公共卫生机构的建设，联合开展科研和疾控项目；协助加强非洲国家的公共卫生能力建设，包括对公共卫生骨干的联合培训。例如，两国疾控中心在塞拉利昂合作开展的“埃博拉病毒密切接触者和健康人群血清流行病学研究”和“埃博拉幸存者体液排毒研究”，既为修订埃博拉病例的确诊标准及防止埃博拉疫情死灰复燃提供了重要的科学依据，同时培养了塞拉利昂实验室骨干人员的技术和研究技能。双方将在热带病防控、计划免疫等更广泛的领域探讨在非洲开展项目合作。
2015年，习近平主席对美国成功进行了国事访问，访美成果清单要求两国在卫生领域加强公共卫生安全及慢性病领域的合作。未来中国疾控中心将在国家卫生和计划生育委员会的领导下，积极开展与美国疾控中心的合作，落实习近平主席访美成果清单的要求。
当地时间2015年6月24日，中国国务院副总理刘延东出席在华盛顿举行的中美埃博拉及全球卫生安全研讨会并作主旨发言。刘延东表示，卫生领域首次纳入中美人文交流高层磋商机制范围，相信此举将进一步推动中美卫生合作深入发展，并丰富人文交流的内涵。