“纲目”本来是史书之一体，昉自朱熹的《资治通鉴纲目》，论者谓此书“以纲提其要，以目纪其详。纲仿《春秋》，而兼采群史之长；目仿《左氏》，而稽合诸儒之粹。褒贬大义，凛乎烈日秋霜，而繁简相发，又足为史家之矩范”。史学以外的著作未必适合这一体例，但著述者出于对朱子的仰慕，也在书名中添上“纲目”二字，其著名者如舒天民《六艺纲目》、楼英《医学纲目》、李时珍《本草纲目》。
李时珍字东璧，号濒湖，湖北蕲春人。幼习举子业，年十四补诸生，三举于乡皆不售，乃闭门读书，举凡子史经传、声韵农圃、医卜星相、佛老稗说、乐府诸家，莫不备究。后虽从父李言闻行医，依然保持儒生本色，其撰著《本草纲目》，不仅在纠正校订旧经古注之舛缪差讹遗漏，凡例专门指出：“虽曰医家药品，其考释性理，实吾儒格物之学，可裨《尔雅》《诗疏》之缺。”
《本草纲目》卷首开列有“历代诸家本草”，其末殿以己书，提要说：“明楚府奉祠敕封文林郎蓬溪知县蕲州李时珍东璧撰。搜罗百氏，访采四方。始于嘉靖壬子，终于万历戊寅，稿凡三易。分为五十二卷，列为一十六部，部各分类，类凡六十。标名为纲，列事为目。增药三百七十四种，方八千一百六十。”
李时珍的生卒年月没有确切记载，顾景星为其作传，只是说“年七十六，预定死期，为遗表授其子建元”，而未提到具体时间。据李建元《进本草纲目疏》云：“臣故父李时珍，原任楚府奉祠，奉敕进封文林郎、四川蓬溪知县。生平笃学，刻意纂修，曾著本草一部，甫及刻成，忽值数尽，撰有遗表，令臣代献。”《明史•李时珍传》云：“书成，将上之朝，时珍遽卒。未几，神宗诏修国史，购四方书籍。其子建元以父遗表及是书来献，天子嘉之，命刊行天下，自是士大夫家有其书。”其说即本于此。
明神宗诏修国史在万历二十二年（1594）三月，据《明实录》，二十四年（1596）十一月，“湖广蕲州生员李建元奏进《本草纲目》五十八套，章下礼部，书留览”。此与出土的李建元墓志铭说“岁丙申（1596）冬，公以单骑抵燕京，奉表上”相吻合。《明实录》说进《本草纲目》五十八套，显然是印刷本。按照李建元的说法，李时珍在书“甫及刻成”之际，“忽值数尽”，即卒于此书印刷出版后不久。而《本草纲目》最早的版本金陵本书首只署有“万历岁庚寅春上元日”王世贞的序，庚寅为万历十八年（1590），这可以视为《本草纲目》开雕时间的上限。换言之，李时珍当卒于万历十八年（1590）至万历二十四年（1596）之间。
20世纪50年代，张慧剑受上海电影制片厂委托，创作电影剧本《李时珍》，数次前往蕲春考察，摄得李时珍夫妇合葬碑，树立时间是“万历癸巳中秋”，即万历二十一年（1593）。学界一般同意此即李时珍的卒年，也是金陵本《本草纲目》初版的时间，由此上溯，确定李时珍生于正德十三年（1518）。万历六年（1578）《本草纲目》成书，李时珍六十一岁，两年后，亲赴太仓弇山园谒王世贞，请求王为《本草纲目》赐序。
王世贞对李时珍印象极好，有诗相赠：“李叟维稍直塘树，便睹仙真跨龙去。却出青囊肘后书，似求元晏先生序。华阳真逸临欲仙，误注本草迟十年。何如但付贤郎舄，羊角横抟上九天。”但不知为何，这篇序言竟拖延十年，至万历十八年（1590）才缴付。王世贞在序言中回忆初见李时珍时的印象—“晬然貌也，癯然身也，津津然谭议也，真北斗以南一人”，对《本草纲目》有高度评价：“如入金谷之园，种色夺目；如登龙君之宫，宝藏悉陈。如对冰壶玉鉴，毛发可指数也。博而不繁，详而有要，综核究竟，直窥渊海。兹岂仅以医书觏哉，实性理之精微，格物之通典，帝王之秘箓，臣民之重宝也。”王世贞赠诗末句“贤郎”下有注：“君有子，为蜀中名令。故云。”这位“为蜀中名令”的贤郎，是李时珍的长子李建中，《蕲州志》有传，其略云：“嘉靖四十三年举于乡，六上礼官不第，署河南光山教谕，为诸生授经，束脩转给寒士。升四川蓬溪知县。”李建中在蓬溪任上政绩卓著，按照明代文官父祖封赠制度，外官考满合格，父母可以获得对品封赠，《本草纲目》书前李时珍衔“敕封文林郎四川蓬溪县知县”，即由此而来。
“华阳真逸”两句用道书《桓真人升仙记》中陶弘景的典故，说陶弘景修道有“三是四非”，故不得立即升仙，其中第一非即是：“注药饵方书，杀禽鱼虫兽救治病苦。虽有救人之心，实负杀禽之罪。”王世贞因此调侃李时珍，何不将后续工作委托给儿子，以便自己轻举飞仙。王世贞或许只是戏言，而《本草纲目》的撰著，确实是“全家总动员”。
金陵本以王世贞序言冠首，然后是“辑书姓氏”，题作：“敕封文林郎四川蓬溪县知县蕲州李时珍编辑；云南永昌府通判男李建中、黄州府儒学生员男李建元校正；应天府儒学生员黄申、高第同阅；太医院医士男李建方、蕲州儒学生员男李建木重订；生员孙李树宗、生员孙李树声、生员孙李树勋次卷；荆府引礼生孙李树本楷书；金陵后学胡承龙梓行。”此后即上下两卷图例，分别标题“本草纲目附图卷之上”和“本草纲目附图卷之下”，两卷编辑图绘责任人署名不完全一样，上卷题：“阶文林郎蓬溪知县男李建中辑，府学生男李建元图，州学生孙李树宗校。”下卷题：“阶文林郎蓬溪知县男李建中辑，州学生男李建木图，州学生孙李树声校。”
本书既以“纲目”为名，体例则与前代本草有所不同，在卷一“《神农本经》名例”之下，李时珍说：“今则通合古今诸家之药，析为十六部。当分者分，当并者并，当移者移，当增者增。不分三品，惟逐各部。物以类从，目随纲举。每药标一总名，正大纲也；大书气味、主治，正小纲也。分注释名、集解、发明，详其目也；而辨疑、正误、附录附之，备其体也；单方又附于其末，详其用也。大纲之下，明注本草及三品，所以原始也；小纲之下，明注各家之名，所以注实也。分注则各书人名，一则古今之出处不没，一则各家之是非有归，虽旧章似乎剖析，而支脉更觉分明。非敢僭越，实便讨寻尔。”
析言之，其体例可以分为三个层次：区分物类，以部为纲，以类为目；规划品种，基源为纲，附品为目；叙说药物，标名为纲，列事为目。
先说“以部为纲，以类为目”。面对数以千计的药物名目，首要工作是“析族区类、振纲分目”。针对《证类本草》“玉、石、水、土混同，诸虫、鳞、介不别，或虫入木部，或木入草部”“或一药而分数条，或二物而同一处；或木居草部，或虫入木部；水土共居，虫鱼杂处；淄渑罔辨，玉珷不分”的情况作了较大调整。《本草纲目》共分水、火、土、金石、草、谷、菜、果、木、服器、虫、鳞、介、禽、兽、人16部，所谓“首以水、火，次之以土。水、火为万物之先，土为万物母也。次之以金、石，从土也；次之以草、谷、菜、果、木，从微至巨也；次之以服器，从草木也；次之以虫、鳞、介、禽、兽，终之以人，从贱至贵也”。尽可能把所有药物安排在恰当的部类，如“紫麒麟竭”，旧本草为一条，先后安排在玉石部、木部，李时珍考察后认为：“麒麟竭是树脂，紫是虫造。”于是麒麟竭留在木部香木类，将紫改到虫部卵生类。
16部是总纲，其下又分60类，其中草部最细，共分山草类、芳草类、隰草类、毒草类、蔓草类、水草类、石草类、苔类、杂草类，部与类之间构成纲目关系。可贵的是，李时珍对物类关联性已经有所感知，如在壶卢条释名项提到“凡蓏属皆得称瓜”，这个“蓏属”，几乎都是葫芦科的物种。在草部芳草类，当归、芎、蘼芜、蛇床、藁本数条相连续，均是伞形科植物。
再说“基源为纲，附品为目”。同一动植物的不同药用部位，旧本草有时候被分为不同条目，混乱不堪，《本草纲目》在凡例中规定：“唐、宋增入药品，或一物再出、三出，或二物、三物混注。今俱考正，分别归并，但标其纲，而附列其目。如标龙为纲，而齿、角、骨、脑、胎、涎，皆列为目；标粱为纲，而赤、黄粱米，皆列为目之类。”此即以药物基源为纲，药用部位为目，按照“目随纲举”的原则，药用部位只能以附品的形式，附属于主药之下。例如“牛”条，其下附列黄牛肉、水牛肉、牛头蹄、牛鼻、牛皮、牛乳、牛血等38个可以入药的部件作为子目。这样处理，条目清楚，检索容易。
具体药物条文则“标名为纲，列事为目”。《证类本草》及其以前的主流本草，各药条下的内容乃层叠累加，重点不突出，读者面对诸如“本草经云”“陶隐居注”“唐本注”“今注”“图经曰”“日华子曰”之类的提示词，倍感茫然。《本草纲目》以药名为纲，统率释名、集解、正误、修治、气味、主治、发明、附方8个子目。凡例阐释说：“诸品首以释名，正名也。次以集解，解其出产、形状、采取也。次以辨疑、正误，辨其可疑，正其谬误也。次以修治，谨炮炙也。次以气味，明性也。次以主治，录功也。次以发明，疏义也。次以附方，著用也。或欲去方，是有体无用矣。”
“释名”在于解决与药名有关的问题。首先确立正名，附列古名、异名、俗名，尽可能地解释这些名称的来历。如药物“黄芪”，明代已经俗写作此。李时珍仍据《证类本草》以“黄耆”为正名，将“黄芪”列为别名，在释名项还特别指出，写作“蓍”是错误的。李时珍说：“耆，长也。黄耆色黄，为补药之长，故名。今俗通作黄芪。或作蓍者非矣，蓍乃蓍龟之蓍，音尸。”
“集解”涉及药物名实、产地、采收等问题。集解项下不仅集中了前代本草的意见，并搜罗子史百家关于物类的文字，无论与医药是否相关，皆汇总在条目之下，由此获得“中国古代百科全书”的称誉。如李时珍在金鱼条集解项说：“金鱼有鲤、鲫、鳅、?数种，鳅、?尤难得，独金鲫耐久，前古罕知。惟《北户录》云：出邛婆塞江，脑中有金。盖亦讹传。《述异记》载：晋桓冲游庐山，见湖中有赤鳞鱼。即此也。自宋始有畜者，今则处处人家养玩矣。”达尔文在《动物和植物在家养下的变异》中辗转引录这条材料，作为金鱼驯养的证据。
集解项并不是简单的文献堆砌，许多药物条下都有作者自己的见解。如白花蛇以蕲州产者为著名，称“蕲蛇”，蕲州是李时珍的家乡，集解项对此描述甚详：
花蛇，湖、蜀皆有，今惟以蕲蛇擅名。然蕲地亦不多得，市肆所货、官司所取者，皆自江南兴国州诸山中来。其蛇龙头虎口，黑质白花，胁有二十四个方胜文，腹有念珠斑，口有四长牙，尾上有一佛指甲，长一二分，肠形如连珠。多在石南藤上食其花叶，人以此寻获。先撒沙土一把，则蟠而不动。以叉取之，用绳悬起，劙刀破腹去肠物，则反尾洗涤其腹，盖护创尔。乃以竹支定，屈曲盘起，扎缚炕干。出蕲地者，虽干枯而眼光不陷，他处者则否矣。故罗愿《尔雅翼》云：蛇死目皆闭，惟蕲州花蛇目开。如生舒、蕲两界者，则一开一闭。故人以此验之。又按元稹《长庆集》云：巴蛇凡百类，惟褰鼻白花蛇，人常不见之。毒人则毛发竖立，饮于溪涧则泥沙尽沸。鷣鸟能食其小者。巴人亦用禁术制之，熏以雄黄烟则脑裂也。此说与苏颂所说黔蛇相合。然今蕲蛇亦不甚毒，则黔、蜀之蛇虽同有白花，而类性不同，故入药独取蕲产者也。
此即蝰蛇科的尖吻蝮。此蛇头大呈三角形，与颈部可明显区分，有长管牙，即李时珍所说“龙头虎口”；吻端由鼻间鳞与吻鳞尖出形成一上翘的突起，即“褰鼻”“反鼻”；体背有灰白色大方形斑块二十馀，即“方胜文”；尾末端鳞片角质化程度较高，形成一尖出硬物，称“佛指甲”。
“正误”乃是针对前代争论极大、对学术影响较深的问题设立的条目。如凝水石载《本草经》，陶弘景描述“此石末置水中，夏月能为冰”，后世本草家觉得不可思议，于是异说纷呈。李时珍在分析前人论述之后，确认陶弘景说的“盐精”才是正品，而“唐宋诸医不识此石，而以石膏、方解石为注，误矣”。这种凝水石为含结晶水的硝酸盐矿石，在溶解时能够吸热，可以使水温下降，甚至局部结冰。确实如正误项所感叹的，“凝水之误，非时珍深察，恐终于绝响矣”。
修治、气味、主治、发明、附方5项主要是医药学内容，“发明”乃是其中的精华。灯花条发明项提到自己的一个医案：“我明宗室富顺王一孙，嗜灯花，但闻其气，即哭索不已。时珍诊之曰：此癖也。以杀虫治癖之药丸服，一料而愈。”这是寄生虫疾病导致异食癖，因为诊断明确，所以投以杀虫药，很快便获得了疗效。
《本草纲目》的版本大致可分为“一祖三系”：即约在万历二十一年（1593）由金陵书商胡承龙印刷发行的原刻祖本，称为“金陵本”；万历三十一年（1603）夏良心、张鼎思江西南昌重刻本，及以此为底本的若干覆刻本，习称“江西本系统”；崇祯十三年（1640）钱蔚起杭州六有堂重刻本，及以此为底本的若干覆刻本，习称“钱本系统”，或“武林钱衙本”；光绪十一年（1885）张绍棠南京味古斋重刻本，及以此为底本的若干覆刻本、石印本，习称“张本系统”。
不同版本除了文字差异，冠于书首的千馀幅图例也很有不同。金陵本两卷共1109幅图例，由李时珍的儿子李建元、李建木绘制；江西本除极少数修饰加工外，基本忠实于金陵本的图样；钱本图例改为3卷，将金陵本所缺的藤黄图补完，共有1110幅图例，由陆喆绘图、项南洲镂版；张本图例3卷，参考钱本重绘，部分植物图例参考《植物名实图考》绘制，共有1122幅图例，由许燮年绘图。
（作者单位：成都中医药大学）