作为一种新型社会经济组织，企业孵化器于上世纪50年代末在美国诞生。在中国，1987年6月成立的武汉东湖新技术创业者中心是全国第一家科技企业孵化器。经过近30年发展，中国的科技企业孵化器已逐渐成为鼓励高层次科技人才创业，加速科技成果转化，培育中小型科技企业，扶持战略性新兴产业，振兴区域经济，推动宏观经济发展的重要政策工具和经济组织形态。
与西方发达国家相比，中国的科技企业孵化器起步相对较晚，发展经验相对不足，政策环境、管理体制、运行机制、经营方式、资源整合、服务能力等方面仍有待不断完善，仍需通过深化改革和激励创新来不断提高中国的科技企业孵化能力。
现状
据国家科技部火炬高技术产业开发中心孵化器管理处陈晴处长介绍，截至2012年年底，纳入火炬中心统计体系的孵化器有1239家，其中国家级孵化器有435家，总体在孵企业超过7万家，整体孵化面积达到4300多万平方米。累计毕业企业超过4.5万家，毕业后上市企业超过180家，提供创业岗位143万个。
其中，省市科委、地方政府创办的事业单位性质的孵化器数量最多、规模最大，在孵化器总量中占到2/3。这类孵化器在全国科技力量较强的大中城市，特别是在全国高新技术产业开发区中均有分布，其资金来源大多以政府的科技创新基金、专项孵化基金和火炬计划基金投入为主。以政府为主体投资运营的孵化器，注重社会效益，不强调直接的经济效益，政府从高新技术产业的发展、被孵企业创造的就业机会和税收中得到回报。
随着市场发展，孵化器的营运模式也发生了重要变化。早期孵化器强调“器”的概念，通过为中小企业提供一定的物理空间，提供相关的中介服务，通过创办企业实现科技成果的转化。近些年发展起来的创新型孵化器，以提供无形服务为主，着重为企业提供高附加值的管理咨询和资本服务，入驻企业多为IT网络和通讯类高科技企业。
创新工场首席运营官陶宁介绍，现在市场上的孵化器类型主要有三种：一种是无任何门槛、单纯为孵化企业而设立的主体。在运作过程中，这类孵化器为初创期企业提供全部免费或超低费用的创业服务。其代表是车库咖啡，创业者只需每人每天点一杯咖啡就能在此免费享用一天的开放式办公环境；一种是传统孵化器，略有门槛，进驻企业需要满足高科技企业的条件，需要交付一定的房租；还有一种是带有投资功能的孵化器，门槛较高，多为VC机构投前服务或投后管理的延伸，倾向于孵化VC机构已投资或拟投资企业，目的是提升增值服务，降低投资风险。
“做早期投资不能什么都投，一定要有方向性。像创新工场，被投企业的业务方向不仅必须是高科技，还必须得是互联网，要满足我们的方向，还要让我愿意投资你，门槛一下子就高了很多。”陶宁表示。
据投中研究院调研显示，在具体运作层面，一般孵化器将企业的毕业时间锁定在6个月，或是企业获得首次融资之后；绝大部分孵化器仍然较为关注互联网和移动互联网企业；从孵化器的地理分布来看，绝大部分设
立在北京、上海、广州、江苏等地，很少采取异地扩张策略，对自身团队没有绝对的关键绩效指标考核（KPI考核）要求；孵化规模主要取决于孵化器自身的定位和是否具有大规模孵化企业的能力，现阶段国内的孵化器多以中小规模运作，孵化30家以内企业的规模成为业内常态。
运营
“孵化器要强调公益性，但也要强调可持续发展，与企业共发展，这是我们未来要做的。”陈晴说。
据了解，目前市场化经营的孵化器面临着一些瓶颈，主要包括基础设施及相应技术服务等带来的成本持续增长，个别入孵企业对免费提供的服务及设施不够珍惜等。“现在主要是房租收入，占成本的80%，培训、申报项目等咨询服务的收入都转化成房租。免费，这是最大的问题。”
国有孵化器对企业直接收费的难度比较大。一方面是政策不允许，如果单纯以经济指标来衡量孵化器，导向性可能会出现问题；另一方面，中国市场的信誉体系还不健全，社会上对中介机构的认识及其发展还存在一定障碍。
在国外，孵化器会与被孵化企业形成捆绑发展模式。若孵化器平台的经营者看好孵化器内的某家企业，就会对它进行投资以获得部分股权，从而获取相应的股权投资收益，拓展收入范围。孵化器投资被孵化的公司，一般获得股权份额不会超过该公司股权的10%。而且，这种获利形式一般周期很长，也不是只要投资就一定能获得收益。早期投资非常考验一个投资人的眼光，目前国内的民营孵化器很少能通过这种方式获利。
投中研究院的调研显示，部分孵化机构采取以下方式来缓解资金压力：在运作过程中通过对入孵企业获得融资收取佣金费（不超过融资额的5%）；置换入孵企业股权（不超过股权的5%）；以低于市场价格的标准对办公场地、网络宽带等基础设施收取费用；与银行建立联系，帮入孵企业获得债权融资等，还有个别孵化机构在向天使投资或早期投资机构转型。
对于孵化器经营模式的争论一直存在，有观点认为，孵化器的业务大致应当包括物业管理、投资、中介服务这三方面。1到8个月的孵化企业处于“幼儿期”，这时做孵化器一般不挣钱，但当企业做大了之后，孵化器就可以发挥核心竞争力，比如通过做投资策划来实现盈利。孵化器不仅要提供良好的政策和外部环境，还要帮助企业引资、招商，甚至参与企业管理，以从中获利。
许多技术发明人只是单纯的研究人员，他们带着技术进入市场，其管理能力往往有缺陷。孵化器为其免费提供融资服务甚至是企业管理服务，可以占被孵企业的股份，实行管理入股。这样一来，孵化器不对被孵企业收费，却能有盈利，所获收入可以应用到新项目的建设中去，从而实现市场化运营。
有业内人士表示，官方支持的孵化器也应当走市场化运行的道路，现在此类孵化器缺乏利益驱动，时间一长就会失去生命力。因此，从机构设置到整个运作机制都必须改制，考虑市场化。市场化的内涵包括政策支持、市场化运作、股份制管理，其中存在着资源整合的问题。政府最理想的角色是退到幕后当大股东、大老板，掌握政策，提供资源，孵化器的一般运营则可以交给专业公司和专业人士来做。政府在里边起一种引导作用，在政策上、软环境上提供便利，在运作上追求一种商业化的操作。
考核
在一些业内人士看来，目前国内孵化器的整体发展情况良好，但也存在几个问题：第一，物业化问题。现在孵化器的面积过大，在孵企业过多，服务人员过少。第二，孵化主体与创业主体界限不清。孵化器的职责是创造一个环境，不能把所有的事情都包办，否则会影响了创业者主动性和创造性的发挥。第三，政府职能“越位”。在实际运行中，政府有关部门会直接参与孵化器的管理和运作，“政府引导”容易变成“政府主导”，甚至“政府领导”，最终造成重管理、轻服务、服务项目少、服务层级低的局面。而且政府办的孵化器沿用的是事业单位的管理制度，自身存在待遇、激励等问题。第四，短期行为。由于各方面原因，包括各种投资者的要求，有些孵化器出于自身盈利考虑，不顾企业长远发展，变成了催化器。
“要根据我们的发展阶段和发展需求对孵化器加以评价，否则就是片面的。”在陈晴看来，政府的资金有限，早期孵化器建设不能一味靠政府，而应充分吸引民间资本，鼓励一部分地产开发商进入。一方面，通过规范引导，使其按照孵化器的管理理念运行，同时也要允许其有一定的生存发展空间。毕竟孵化器的投资回报周期非常长，政府更强调公益，而企业是逐利的，最终还是要对股东有回报。另一方面，要通过制定管理办法，通过制度考核评价进行引导，而不是以拥有多少豪华的办公场地为考核指标，要对孵化器进行评级分类指导。以前要求综合性孵化器拥有在孵企业80家，国家级孵化器拥有在孵企业50家。现在看来，创新性企业资源毕竟有限，很多孵化器为了追求指标，到处招商，很多传统企业、加工型企业都混进了孵化器，导致科技含量比较低。对于孵化器的认定标准，下一步，要在房屋面积、企业数量等指标上做一些修正。
除了要解决孵化器本身存在的问题外，孵化企业的成功率也有待提高。目前，入孵企业在孵化过程中还存在很多不足，比如片面并过分地依赖政府优惠政策，对孵化器提出不切实际的过多要求，少数企业违反经济信用行为严重，偷税漏税现象较为普遍等。“从评价上我们开始逐渐引导，要以服务为导向，这几年推动中关村的新型孵化器，没有多少场地，也能为大家提供服务，非常专业，非常好。”陈晴说。
以江苏的博济堂科技园投资发展有限公司为例，现在已经拥有18个园区。其发展初期是自建孵化器，后来跟各地政府共建孵化器，现在主要是输出服务，比如高层次的创业领袖的培训，引入各种金融投资服务，举办各类活动等。“中西部地区的孵化器缺乏专业运营团队，需要输入服务，每年缴纳运营费。输出服务方获得的间接服务收入就因此增加了，现在博济堂30%～40%的收入来自服务。”